巴西空軍組織架構如下
- 空軍本部（Comandoda Aeronautica、COMAer）隸屬巴西國防部。空軍總司令由巴西總統任命指派。
- 空軍航空作戰總司令部（Comando-Geral de Operacoes Aereas、COMGAR） 司令部所在地：Brasília
- 空軍支援總司令部（Comando-Geral de Apoio、COMGAP）
- 空軍人事總司令部（Comando-Geral de
Pessoal、COMGEP）
- 空軍航太技術總司令部（Comando-Geral de Tecnologia Aeroespacial、DEPED）
- 4個航空軍（Forcas Aereas） - 各作戰部隊管理運用
- 7個區域航空集團（Comandos Aereos
Regionais、COMAR） - 航空基地管理運用
航空行政機關
- 航空教育局（Departamento de Ensino
da Aeronautica、DEPENS）
- 民間航空局（Departamento de Aviacao
Civil、DAC）
- 空域管制局（Departamento de
Controle do Espaco Aereo、DECEA）
各種作戰部隊與職責
作戰部隊最大單位為大隊(群)(Groups／Grupos)通常包含一到六個中隊(Squadrons／Esquadrões)，中隊包含6到12架作戰飛機。更小的作戰單位則為小隊(Flights／Esquadrilhas).
- 領空防衛群（Grupo de Defesa Aerea、GDA）防空戰鬥
- 輸送群（Grupo de Transporte、GT）運輸與空中加油
- 航空群（Grupo de Aviacao、GAv）戰鬥、對地攻撃、偵察、捜索救難與旋翼機部隊
- 戰鬥航空群（Grupo de Aviacao de
Caca、GAvCa）制空戰、對地攻撃
- 部隊輸送群（Grupo de Transporte de
Tropas、GTT）輸送業務、空挺支援
- 特別飛行檢査群（Grupo Especial de Inspecao em Voo、GEIV）檢定與校正
- 特別飛行試驗群（Grupo Especial de
Ensaios de Voo、GEEV）試驗飛行
- 特別輸送群（Grupo de Transporte
Especial、GTE）VIP專機隊
- 航空輸送隊（Esquadrao de Transporte
Aereo、ETA）
- 飛行教育隊（Esquadrao de
Demonstracao Aerea、EDA）飛行官教育訓練
- 飛行宣傳隊（Esquadrao de Demonstracao Aerea、EDA）特技飛行航空隊
